ChIP-Seq測序與分析

ChIP-Seq測序與分析

ChIP-Seq測序與分析 是指通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA 片段，并對(duì)其進(jìn)行純化和文庫構(gòu)建；然后對(duì)富集得到的DNA 片段進(jìn)行高通量測序，通過將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息，是目前在全基因組水平研究蛋白結(jié)合靶DNA序列的重要手段，為轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾、核小體定位等表觀遺傳學(xué)的研究提供有效方法。其將染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）與高通量測序（Sequencing）技術(shù)相結(jié)合，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典實(shí)驗(yàn)方法。

實(shí)驗(yàn)流程

分析流程

該技術(shù)的主要優(yōu)勢：

1) 全基因組覆蓋：ChIP-seq相較于傳統(tǒng)的ChIP芯片，能夠?qū)崿F(xiàn)全基因組范圍的、單堿基水平的蛋白結(jié)合位點(diǎn)篩選與鑒定；

2) 高靈敏度：每個(gè)樣本可獲得數(shù)百萬條的序列標(biāo)簽，可發(fā)現(xiàn)研究基因組上稀有的蛋白結(jié)合位點(diǎn)；

3) 高精確率：可獲得高水平的信噪比數(shù)據(jù)，準(zhǔn)確區(qū)分真實(shí)事件與噪音，精確定位蛋白結(jié)合位點(diǎn)。

該技術(shù)在基礎(chǔ)研究中的應(yīng)用：

1) 應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的研究：ChIP-seq技術(shù)廣泛應(yīng)用于與轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的生物學(xué)作用與相關(guān)機(jī)制的研究。分析轉(zhuǎn)錄因子在不同細(xì)胞、不同狀態(tài)下所發(fā)揮的作用；

2) 應(yīng)用于組蛋白修飾的研究：ChIP-seq技術(shù)亦常應(yīng)用于研究組蛋白的修飾分布，通過觀察組蛋白修飾的分布情況，進(jìn)一步明確組蛋白修飾所發(fā)揮的生物學(xué)作用；

3) 應(yīng)用于核小體定位研究：運(yùn)用ChIP-seq技術(shù)研究核小體的分布規(guī)律，進(jìn)而分析得知核小體對(duì)基因表達(dá)所產(chǎn)生的影響。